甘肃省有色金属地质勘查局天水矿产勘查院始建于1958年7月1日，当时全名为陕西省冶金工业局矿山地质公司汉中第二地质勘探队（简称：汉中二队），队址在陕西省汉中地区凤县八方山；1959年8月更名为陕西省冶金工业局地质勘探公司第二地质勘探队；1961年2月更名为陕西省冶金工业局地质勘探公司宝鸡地质勘探队，队址从八方山地区搬迁至陕西省凤县龙口；1962年8月，队名改为西北冶金地质勘探公司第二地质勘探队，隶属西北冶金地质勘探公司；1964年10月，奉命进入甘肃境内，队部设在天水市麦积区花牛路43号；1998年3月23日，由原隶属中国有色金属工业总公司甘肃地质勘查局同驻天水市辖区的二队、五队、职工中专三家事业单位合并重组成立了甘肃有色地勘局天水总队；2011年10月10日更名为甘肃省有色金属地质勘查局天水矿产勘查院；2017年10月，院办公地点搬迁到麦积区社棠东路7号。